중앙선거관리위원회가 ‘안철수 신당’ 명칭 사용을 불허하자 ‘안철수 신당’측이 강하게 반발했다. 앞서 선관위는 ‘안철수 신당’ 정당 명칭을 불허한 이유로 "정당의 목적과 본질, 선거운동의 균등한 기회를 보장하고 있는 헌법 제8조 제2항, 제116조 제1항 및 정당법 제2조의 각 규정에 위반돼 정당의 명칭으로 사용할 수 없다"라고 밝혔다.

이에 대해 '안철수 신당' 창당추진기획단은 입장문을 내고 “중앙선거관리위원회의 결정에 강한 유감을 표한다. 정당이 정치적 노선, 신념 등을 표방함에 있어 이를 주창한 정치인의 성명이 그 노선, 신념 등을 상징할 정도로 널리 알려져 있거나 그러한 정치적 방향을 나타는데 효과적이라면, 그 성명이 포함된 당명을 사용하는 것은 정당명칭 사용의 자유에 속하는 영역이다. 선관위의 과도한 해석은 헌법에 보장된 정당 설립의 자유를 침해한 것”이라고 주장했다.  

창당추진기획단은 또 "헌법재판소는 정당명칭 사용의 자유는 헌법이 보장하고 있는 정당 설립의 자유를 이루는 기본권이라 판시한 바 있다. 우리 정당법도 유사당명과 위헌정당으로 해산된 정당의 당명 외에는 당명 사용에 관하여 어떠한 제한도 두고 있지 않다"고 말했다. 

안철수 신당측은 선관위 결정을 비판하면서도 당명을 새로 짓기로 했다. 이태규 창당추진기획단장은 "신당은 한국 정치를 바꾸기 위한 목표로 새로운 정당을 만드는 일을 시작했다. 그 목표를 이루는 것이 더욱 중요하다고 생각하는 만큼 국민들께 사랑받을 수 있는 새로운 당명을 선정하겠다"라고 밝혔다. 

한편 안철수 전 의원의 국민의당 탈당으로 견원지간이 된 대안신당 소속 의원들은 선관위의 결정을 환영했다. 장정숙 대안신당 대변인은 7일 논평을 내고 "공당의 당명에 그 알량한 유명세를 이용할 목적으로 자신의 이름 석 자나 박아 넣겠다는 정치인이 사당화를 경계하는 정당민주주의의 기본에 대한 이해가 가능할지 의문이다. 안철수 전 의원은 국민에게 먼저 사과하고, 정치를 처음부터 다시 배우기 바란다"고 말했다.

대안신당 박지원 의원도 7일 CBS 라디오 <김현정의 뉴스쇼>에 출연해 “선관위의 결정은 잘한 것”이라고 말했다. 박 의원은 이어 “안철수 신당은 찻잔 속의 태풍이다. 안철수 신당은 과거 4년 전에는 호남에서, 그리고 수도권에 있는 호남 사람들이 전폭적인 지지를 했지만 현재는 홈베이스를 잃었다. 자기(안철수 전 의원) 고향인 부산에서 누가 미동을 하나. 지금 호남에서도 ‘한 번 속지 두 번 속냐’ 같은 실수를 범하지 않겠다 한다”라며 평가절하했다.